وتعد الإمارات أيضًا موطنًا للأنواع المقيمة والمهاجرة المتكاثرة مثل الغاق السقطري وبلشون الصخور والصقر الأسخم، علاوة على مجموعة كبيرة ومتنوعة من الطيور المهاجرة.
تنفذ هيئة البيئة أبوظبي برنامجاً طويل المدى لمراقبة ورصد الطيور المهاجرة والأنواع المتكاثرة الرئيسية بغرض حمايتها والحفاظ عليها. يساهم ذلك في تقييم حالة الأنواع المتكاثرة ومراقبة الطيور المهاجرة، وتتبع الأنواع المهمة منها في مساعدة هيئة البيئة على تحديد الأماكن المهمة الواقعة داخل شبكة زايد للمحميات الطبيعية والتي تديرها هيئة البيئة - أبوظبي.
كما تشكل المحميات مثل محمية الوثبة للأراضي الرطبة ومحمية بو السياييف البحرية أهمية بالغة لأنواع عديدة من الطيور المهاجرة والمقيمة على حد سواء. فقد تم تسجيل ما يربو على 260 نوعًا حتى الآن في محمية الوثبة للأراضي الرطبة، والتي تعتبر الموقع الوحيد بالخليج العربي الذي يتكاثر فيه طائر النحام الكبير (الفلامنجو) باستمرار، ما يشكل علامة مهمة على الجهود الحثيثة المبذولة من قبل هيئة البيئة أبوظبي للمحافظة على هذه الأنواع.
